菏泽医学专科学校开设临床医学、口腔医学、护理、助产、药学、药品经营与管理、医学检验技术、康复治疗技术、眼视光技术、中医康复技术、医学影像技术、保险、老年服务与管理、老年保健与管理等14个专业，其中临床医学专业被确定为首批全国职业院校健康服务类示范专业，临床医学专业和护理专业为中央财政支持重点建设专业，临床医学专业、护理专业、助产专业为省级特色专业，拥有临床医学专业、药学专业、护理专业三个省级教学团队，健康照护专业群（护理、助产、老年服务与管理）为省级品牌专业群，拥有药理学、生理学、诊断学、内科学、内科护理学、外科护理学等29门省级精品课程。基础护理学、人体生理学、药理学、病理学与病理生理学为省级精品资源共享课程。学校为中医康复技术专业教学指导方案开发牵头单位。
临床医学：
特色：是我校最早设立的专业，也是我校的主干专业，是省级特色专业和中央财政支持重点建设专业，也是首批全国职业院校健康服务示范专业点。该专业师资力量雄厚，升本率高，就业质量高。
培养目标：掌握医学的基础理论、基本知识和基本技能，能够处理常见病、多发病，对疑难和常见的危重病症有一定的处理能力，有一定的卫生预防知识和中医学的基本知识，具有一定的创新思维和独立分析问题、解决问题的能力。
就业方向：基层医疗卫生单位的医疗、卫生保健工作。
执业证书：临床医学专业毕业生具有报考执业助理医师/执业医师的资格。
临床医学（公费医学生）：
特色：公费医学生是山东省推出的医学生公费教育措施，公费医学生在校学习期间，享受免学费、免住宿费以及补助生活费“两免一补”政策。
培养目标：重点为乡镇卫生院及以下的医疗卫生机构培养从事全科医疗的卫生技术人才。
就业方向：公费医学生在获取入学通知书前，须与培养学校和当地县级卫生行政部门签署定向就业协议，承诺毕业后到有关基层医疗卫生机构服务6年。
执业证书：临床医学专业毕业生具有报考执业助理医师/执业医师的资格。
口腔医学：
培养目标：掌握口腔医学的基本理论、基本知识和基本技能，并能运用所学的知识和技能防治口腔常见疾病、多发病，掌握口腔危重病人的处理原则和操作技能；具有相应的口腔预防保健知识和技术。
就业方向：学生毕业后能胜任基层医疗卫生单位的口腔治疗、预防、保健工作。
执业证书：口腔医学专业毕业生具有报考口腔执业助理医师/执业医师的资格。
护理：
特色：是我校的主干专业，省级特色专业，中央财政支持重点建设专业，山东省品牌专业群牵头专业。该专业升本率高，就业率在90%以上，就业质量高。
培养目标：该专业毕业生能够较好地适应职业岗位群要求；具备规范的基础护理和各专科护理基本操作技能；具有对常见病、多发病病情的观察能力和整体护理能力；具有对常用药物疗效和不良反应的观察能力；具有较强的卫生宣传、健康指导和预防保健能力；具有初步的病房管理能力和人际交往能力。
就业方向：毕业后能在各级医疗机构从事临床护理、保健护理和护理管理工作。
执业证书：护理专业学生在校期间和毕业后均可考取执业护士资格证书，在校期间通过率可达96%。
护理（中外合作办学口腔护理方向）：
特色：教育部备案中外合作办学项目，与英国纳拉克郡新学院联合培养面向大型口腔医院或综合医院口腔门诊口腔专科护士。
培养目标：本专业培养具备一定的人文科学素养、良好的职业道德素养，具备医学、护理学、口腔医学的基本理论、基本知识、基本技能，能够在护理领域从事临床护理、口腔护理的应用型护理人才。
就业方向：面向各级各类综合医院、口腔专科医院，从事临床护理、口腔护理等工作。
执业证书：学生在校期间和毕业后均可考取执业护士资格证书。
护理（校企合作办学 临床科研护理方向）：
特色：护理专业（临床科研护理方向）是我校和泰格医药泰智(山东)医学研究有限公司合作，联合培养临床科研护理方向专门人才，是校企深度合作的创新人才培养模式。
培养目标：重点为临床研究行业相关医疗卫生单位、医学科研机构、医药企业等培养从事临床护理、临床科研、质量控制、项目管理等岗位的中高端技术人才。
就业方向：泰格医药与众多的世界名企、国内名企、国内1000家以上三甲医院达成广泛合作，可为学生提供形式多样的高精就业岗位。参考薪资如下：
| 岗位类 | 1年工作经验（月薪） | 2年工作经验（月薪） | 3年工作经验（月薪） |
| 科研护士 | 4000元-7000元 | 7000元-9000元 | 9000元-15000元 |
执业证书：学生在校期间和毕业后均可考取执业护士资格证书；并可考取国家级临床研究行业GCP证书。
护理（潍坊医学院3+2贯通培养）：
特色：与潍坊医学院合作开展“3+2”对口贯通分段培养，学生在菏泽医学专科完成3年学习，经转段考核测试合格后，在潍坊医学院学习2年，颁发本科毕业证书。
培养目标：以专业应用能力与职业素养培养为核心，培养拥护党的基本路线，德智体美全面发展，具有扎实的护理学、基础医学及人文社会科学知识和较强的护理实践、人际沟通及护理管理能力，具有良好的职业道德、人文素养、创新创业精神，能够从事临床护理、急危重症护理的高层次应用型护理专业专门人才。
执业证书：学生在校期间和毕业后均可考取执业护士资格证书，在校期间通过率可达96%。
助产：
特色：为省级特色专业、品牌专业，办学历史可追溯到1950年，建校伊始就设立了医士专业产科班，为社会培养出了大批优秀的产科人才。该专业升本率高，就业率在90%以上，就业质量高。
培养目标：本专业培养思想政治坚定、德技并修、全面发展，适应我国社会主义现代化建设和医疗卫生事业发展需要，具有良好的职业道德、人文素养、实践能力、沟通能力和创新精神等素质，掌握保障母婴安全、临床助产及护理操作技能等专业知识与职业技能，面向临床助产及护理岗位(群)，从事临床助产、母婴保健护理和普通护理工作的高素质医学专门人才。
就业方向：在各级医院、妇幼保健院、计划生育技术指导站等医疗机构从事临床助产、护理及围产期保健工作。
执业证书：助产专业学生在校期间和毕业后均可考取执业护士资格证书，在校期间通过率可达96%。
医学影像技术:
特色：是我校为满足当前各级医疗卫生单位对医学影像技术人才的广泛需求而开设的专业。
培养目标：培养掌握医学影像技术的基本理论，具备熟练的技术操作能力、设备维护与管理能力，良好的医学影像职业素质和综合职业能力，能适应现代医学影像设备技术操作需要，可在医疗机构从事医学影像技术的临床工作，可在医疗设备生产机构从事医学影像设备的维护、销售等工作的技能型专门人才。
就业方向：在各级各类医院、体检中心、康复机构、疾病控制中心、计划生育技术指导站、医疗器械（维修）公司等,从事X线检查、CT检查、超声检查、MRI检查、介入诊疗技术、放射治疗技术、核医学技术、医学影像设备的保养、维修、销售等工作。
执业证书：医学影像技术专业毕业生具有考取放射技士/放射技师的资格。
康复治疗技术:
特色：是我校为适应当前社会对康复医疗技术人才需求而新开设的专业。
培养目标：掌握康复治疗的基本理论、基本知识和基本技能，具备康复治疗岗位所需要的康复评定和康复治疗基本技术的核心能力，具有较强的实践操作能力、人际沟通能力、社会工作能力和可持续发展能力。
就业方向：各级医疗卫生单位的康复科、医疗康复中心（医院）、工伤康复中心、社区卫生服务中心、养老服务机构等单位，从事疾病医疗、康复保健等工作。
执业证书：康复治疗技术专业毕业生具有报考康复治疗士/康复治疗师的资格。
中医康复技术:
特色：发挥传统中医技术在疾病预防、康复保健等方面独特的优势，具有广阔的市场前景。
培养目标：培养具有中医理论基础、中医保健理论、中医养生理论、现代康复医学等专业知识和实践技能，具备常见疾病、残疾患者和老年人的康复治疗、评定及预防工作的核心技能，能够从事中医养生、保健、康复等工作的技术型人才。
就业方向：各级医院康复科、康复医院、各级疗养院、医养结合中心、社区卫生中心、养老机构、各类康复保健养生服务机构从事疾病医疗、康复保健等工作。
执业证书：中医康复技术专业毕业生具有报考康复治疗士/康复治疗师的资格。
眼视光技术:
特色：校企合作，学校及企业行业共同育人，培养“医-工-商”结合型眼视光技术特色人才。毕业生实行“双证书”制度。
培养目标：培养掌握眼科学、视光学的基础理论知识和临床操作技能，具备验光技术、配镜技术及角膜接触镜验配技术等技能，融医疗、预防、保健、康复为一体的高端技能型眼视光技术专门人才。
就业方向：主要在各级医院、眼镜生产/销售企业及眼视光中心从事眼视光诊疗、保健、预防和验光配镜等专项技术工作。
技能（资格）证书：毕业前可考取“眼镜验光员”和“眼镜定配工”2个工种的中级（三级）职业资格证书。
药学：
特色：是我校就业率和专升本率都比较高的专业，是我校骨干专业之一，该专业教学团队为山东省省级教学团队，实验实训条件非常优越。
培养目标：培养具备药学学科基本理论、基本知识和实验技能，能在药品生产、检验、流通、应用等领域从事药品生产、药品质量分析检验、药品经营与管理、指导临床合理用药及药品营销的技能型应用型药学专门人才。
就业方向：可面向各级医院、药品营销企业、制药企业、药品检验等企事业单位，从事药物的调剂、药品经营与管理、药物制剂、质量控制等工作。本科层次就业除以上就业领域外，可通过考试进入药品监管部门工作。
执业证书：本专业毕业生可考取药学卫生系列资格证（药师/主管药师），工程师系列资格证（如：助理工程师/工程师/高级工程师），且具有报考执业药师的资格。
医学检验技术：
培养目标：学生掌握必需的医学基础知识；具有临床检验、生物化学检验、微生物学检验、免疫学检验、血液学检验、寄生虫检验的基本理论和基本技能；具有将各种检验项目于临床各科疾病相联系的初步能力。
就业方向：各级各类医院、卫生监督所、疾病控制中心、血液中心、海关检疫等单位从事医学检验工作。
执业证书：医学检验技术专业毕业生具有报考临床医学检验技士/检验技师的资格。
药品经营与管理：
特色：是高等教育系统中培养药品经营与管理人才的唯一相关专业。该专业市场需求量大，就业前景好，就业率在95%以上。
培养目标：培养具有一定的医学知识、药学知识和经济法律、市场营销的基础知识和能力的专门人才；毕业生能够掌握药品经营与管理的理论和技能；具有调查研究和分析、解决实际问题的能力。
就业方向：毕业生可从事医疗卫生系统、制药企业、医药贸易公司的相关高薪岗位，从事药品零售服务（营业员、药师、店长）与市场开发（医药代表、区域经理）以及药品质量管理、药品仓储及物流管理等方面的工作。
执业证书：本专业毕业生可取得药品技术系列资格证（药师/主管药师），且具有报考执业药师的资格。
药品生产技术：
培养目标：培养学生掌握从事药品生产、质量监控、生产管理等相关工作所必备的基础理论知识和实践操作技能，面向药品生产及质量管理领域，能够从事化学药、生物药、中药材和中成药及制剂的生产操作、质量控制等工作领域的高素质劳动者和技术技能人才。
就业方向：主要从事药物制剂工艺设计、药品生产管理、化学药物制备、药品质量检验与控制、企业基层管理、生化药物、生物制品的生产、应用、管理及技术改造等工作；也可从事药品营销、质量检测、药品调剂及保健品、化妆品、食品行业同类工作。
执业证书：本专业毕业生可考取药品技术系列资格证（药士/药师），也可取得工程师系列资格证（如：助理工程师/工程师/高级工程师），且具有报考执业药师的资格。
老年服务与管理：
特色：我校采用1+1+1人才培养模式，第一年在学校学习专业基础知识；第二年到菏泽医学专科学校附属医院护养中心学习专业课，实现课堂与岗位的无缝对接；第三年在养老机构带薪实习，就业市场供不应求。培养目标：培养具有较高品德和职业修养，具备老年照护、老年事业与产业经营管理、老年心理分析与咨询、老年营养分析与调理、老年活动策划与组织、涉老产品开发与销售等多方面能力的有医学背景的高素质技能型养老服务与管理人才。就业方向：主要在各级养老机构和涉老企事业单位能胜任老年照护、业务管理、行政管理、市场运营、涉老产品开发与销售等技术服务和管理工作岗位。
老年保健与管理:
专业特色：是我校在医养结合大背景下为满足老年事业产业快速发展而新开设的专业。采用工学结合、双重途径的人才培养模式，学生第二年即在在菏泽医学专科学校附属医院和护养中心学习专业课，具有广阔的就业空间。
培养目标：培养具有良好的职业道德、创新精神和健全体魄，具备老年保健与管理的理论知识和专业技能，具备健康管理理念，掌握老年生活护理技能、心理护理技能和老年疾病康复保健技能的能从事健康咨询与医疗辅助工作的高素质复合型老年保健与管理人才。
就业方向：能够在养老/疗养机构、医院、社区、健康管理机构等从事老年健康指导、老年预防保健、老年康复指导、老年疾病护理等技术服务和管理工作岗位。
预防医学:
特色：我校是山东省仅有的两所开办该专业专科层次办学的医学院校之一，能很好地对接山东省新旧动能转换“十大产业”，为社会培养专业公共卫生人才。
培养目标：培养具有良好的职业道德、人文素质与医学素养，掌握预防医学的基本理论与基本方法，具备较强的预防医学专业核心职业能力，富有创新精神和先进理念，能从事公共卫生服务或基层卫生保健工作的实用型高技能专门人才。
就业方向：到各级疾病预防控制中心、卫生监督部门、各级医院或妇幼保健院、健康管理机构、健康管理咨询公司、社区、乡镇的基层医疗卫生单位等从事公共卫生技术服务、公共卫生管理、健康教育促进等工作。
执业证书：预防医学专业毕业生具有报考公共卫生执业助理医师/执业医师的资格。
健康管理:
特色：培养学生健康管理信息采集、健康状况预测分析、健康指导等岗位核心技能，为国家“健康中国”战略培养致力于健康监测分析、健康教育咨询、健康危险因素干预、健康指导与管理的急需人才。
培养目标：培养具有先进的健康管理理念和卫生保健意识，掌握卫生保健、健康评估、健康保险、健康信息管理等知识，能够熟练运用健康危险因素辨识、健康评估与调理等技能的高素质技术技能型健康管理专门人才。
就业方向：各级医疗卫生服务机构、大型体检中心、保险公司从事健康风险评估、健康指导和干预、健康管理工作。社区卫生服务中心、健康教育机构、健康管理公司、健康咨询中心、高级康复疗养机构、心理咨询机构等从事健康管理相关工作。
执业证书：健康管理专业毕业生具有报考健康管理师的资格。
医学营养:
特色：我校是全国四十余所开设医学营养专业的高职高专院校之一，充分调研社会需求的基础上形成的课程体系，毕业生就业前景广阔。
培养目标：培养学生掌握预防医学、食品科学、营养学、食品卫生学等方面的理论知识和基本技能，具有营养配餐、保健食品开发、营养与食品卫生检验等方面的能力，能够在社区营养及食品安全领域从事营养指导、食品营养开发与设计以及食品卫生监督、检验和管理等方面工作的应用型人才。
就业方向：该专业毕业生主要在各级医院营养科、食品卫生监督机构、养老机构、托幼机构、健康管理中心、科研机构、企事业单位膳食中心以及餐饮机构等营养相关行业从事营养技师、营养讲师、食品监督、饮食指导、特殊人群配餐等工作。
执业证书：医学营养专业毕业生毕业之后具有报考注册营养技师资格。
菏泽医学专科学校教室、宿舍、图书馆、餐厅等室内场所配有制冷供暖中央空调。学校实验实训教学资源丰富，校内设有公共基础实验教学中心、分析实验教学中心、机能学实验教学中心、药学实验教学中心、护理技能实训中心、临床技能实训中心、口腔技能实训中心、康复治疗实训中心等15个校内实践基地。现有直属附属医院1所，直属康复养老护理中心1所，非直属附属医院3所，教学医院、实践教学医院119所，其中三级医院43所，实习病床71400余张，能够充分满足临床医学、护理、医学检验技术等专业的专业课教学、见习和实习需要。除医院临床药学、药事服务等实习基地外，药学专业还有大型制药企业实习基地10处。